Mortal Kombat 9, a mais nova versão da série, lançado no dia 21 de abril de 2011 para x-box 360 e Playstation 3, tem como história os acontecimentos dos 3 primeiros games da franquia, entretanto, tudo foi reformulado (e corrigido) graças a um evento de alteração no tempo, fazendo um “reset” do cenário.
Tudo começa na época do MK3, com uma cena de Shao Khan tomando o reino da terra e derrotando Raiden, entretanto antes de morrer, Raiden manda para seu próprio passado, imagens dos acontecimentos dessa época sem esperanças, usando o poder de um medalhão sagrado que ele carrega consigo que acabava de quebrar. Raiden no presente (época do MK1), recebe esses flashbacks do futuro, e entende que deve tentar alterar o curso das coisas para que esse futuro ruim não aconteça. Seu medalhão começa a rachar ao receber essas visões , e vai rachando mais conforme o curso da história não altere o futuro, sendo que a peça se restauraria se o curso da história fosse alterado. Raiden começa a tentar mudar os acontecimentos baseado nas visões, entretanto elas não são claras o suficiente para que ele consiga ter certeza do que fazer.
Prólogo:
Shao Khan, imperador do Out World (mundo externo traduzindo, é traduzido as veses como Exoterra, eca...), planejava dominar o EarthRealm (a Terra, nosso mundo) e anexá-lo ao seu mundo. O primeiro passo foi tomar o reino de Edênia, tomando a rainha Sindel como esposa e adotando sua filha, Kitana, mentindo para a menina que era sua filha. Entretanto, os deuses antigos (Elder Gods) o impedem de entrar na terra com um selo, feito pela magia de Sindel, que não queria que a terra sofresse o mesmo destino de Edênia, e se criou o Mortal Kombat, um torneio de lutas mortais entre os melhores guerreiros da terra e do outworld. Se o Mortal Kombat fosse vencido 10 veses consecutivas pelos guerreiros do outworld, Shao Khan poderia invadir o reino da terra, então ele designou Shang Tsung, um feiticeiro poderoso e seu comandado, para vencer o Mortal Kombat.
Tsung foi vencido duas veses por um monge chamado Kung Lao, que ao se tornar o campeão da terra criou a ordem da Lótus Branca, abençoado por Raiden. Porém Tsung volta com um poderoso aliado, Goro, príncipe dos Shokans, uma raça brutal de seres com dois pares de braços que vivem no Outworld, e esse mata Kung Lao e vence 9 torneios consecutivos.
Época atual, um novo Mortal Kombat vai começar, se for vencido pelo outworld este será o décimo, e Shao Khan tomará a terra para si, sendo essencial que os escolhidos de Riden vençam este torneio.
Nesse torneio (equivalente ao MK1) os participantes são Lui Kang, Kung Lao, Johny Cage, Sonia Blade, Sub-Zero (clássico, de nome Bi-Han), Scorpion, Cyrax (ainda humano), Baraka, Reptile, Ermac, Goro e Shang Tsung.
Johny derrota Baraka e Reptile. Sônia é desclassificada por abandonar o torneio para acudir Jax, que estava preso, Sub-zero é morto por Scorpion, que também derrota Kung Lao, sendo que este entra no torneio quase como clandestino. Cyrax derrota Cage, sua missão era matá-lo, mas seguindo os conselhos de Riden ele apenas elimina Cage do torneio. Lui Kang derrota Ermac, Goro e Shang Tsung um após o outro, se tornando o campeão da terra.
O segundo torneio (equivalente ao MK2) acontece por um desafio feito por Shang Tsung a Raiden, sendo uma proposta para que os exércitos de Khan parem de atacar as pessoas da terra, sendo que se o Outworld vencer Khan invadirá a terra, mas se o reino da terra vencer então Shao Khan não poderá nunca mais fundir os mundos. Raiden aceita esse Torneio graças às ameaças ao reino da terra. Este torneio se passa no Outworld, invés da ilha na terra onde passou os torneios anteriores.
Neste torneio, além dos lutadores sobreviventes, entram vários novos guerreiros, como os ninjas Lin Kuei Smoke e Tundra (assumindo o nome de seu falecido irmão sub-zero), Sector e Cyrex reaparecem como cyborgues, Kitana e Jade também participam deste torneio e Jaxs, agora curado, luta do lado da terra.
Graças às influências de Riden, Kitana descobre que Tsung criou uma cópia monstruosa dela por pedido de Shao Khan, chamada Mileena, e se rebela, sendo presa. Lui Kang e Kung Lao, assim como Jade tentam resgatá-la. Também graças às visões de Riden, ele impede que Smoke se torne um cyborg, entretanto isso fez com que os Lin Kuei transformados pegassem Sub-Zero (Tundra) e o transformassem cyber Sub-zero. Raiden permite que Kung Lao tente vencer Shao Khan, pois ele estava em dúvida se realmente Liu Kang deveria ser o vencedor e Kung Lao já havia derrotado Kintaro, o substituto de Goro, mas mesmo assim, Khan mata kung lao. Liu Kang, com ódio no coração, vence e aparentemente mata Shao Khan, sendo o vencedor do torneio novamente, mesmo assim o medalhão de raiden ainda continua a rachar.
Com a derrota de Khan, seus subordinados começam a discutir quem tomaria o poder, mas Shao Khan ressurge curado graças a Quan Shi, retomando o controle. Quan Shi aconselha o imperador a tomar a terra a força, mas para isso o selo de Sindel deveria ser quebrado. Quan Shi ressucita a rainha Sindel, mas a torna maligna e leal a Khan com sua magia, quebrando a única coisa que impedia Shao Khan de entrar na terra sem o Mortal Kombat. Começa a invasão.
Novos (nem tanto) personagens aparecem, como Night Wolf, um xamã indígena, Striker, um membro daSWAT e seu amigo ex-membro do clã do dragão negro, Kabal, que acaba sendo queimado por kintaro e levado por Kano, recebendo cuidados e sua máscara para poder respirar. Kabal foge do Outworld e se junta aos campeões da terra. Jax recebe seus braços de metal, visto que Ermac havia lhe arrancado os braços. Cyber Sub-Zero é capturado pelas forças da terra e libertado da programação dos Lin Kuei, assim se torna um herói, que vence Kintaro e Goro juntos. Raiden luta dessa vez, inclusive matando Motaro, um general de Khan da raça dos centauros.Night Wolf, com a ajuda de Cyber Sub-Zero evita que Quan Shi roube a alma de todos os vivos na terra, eliminando Noob Saibot no processo. Mesmo tendo certa vantagem nessa guerra, o medalhão de Raiden continua a rachar, então ele e Lui Kang, vão encontrar os Elder Gods para pedir ajuda, mas eles negam.
Enquanto Raiden não está por perto, surge um exército de Lin Kueis transformados em cyborgues, e atacam os heróis que se reuniam em uma igreja. Mesmo vencendo os Lin Kuei, surge a rainha Sindel, com plenos poderes, já que Khan deu a ela a a alma e poderes de Shang Tsung, e enfrenta o grupo de heróis, matando quase TODOS, inclusive sua filha Kitana, só sendo vencida pelo sacrifício de Night Wolf. Quando Raiden e os outros voltam já era tarde demais. Liu começa a duvidar da sanidade de Riden, dizendo que suas visões são apenas ilusões de uma mente perturbada. Os personagens abatidos por Sindel são Smoke, Cyber Sub-Zero, Striker, Kabal, Jade, Kitana, Jax, e Night Wolf. Sônia Blade e Johny Cage sobrevivem muito feridos.
Raiden vai até o Underrealm (o inferno ou o limbo, não é claro isso), onde vence Scorpion para poder falar com Quan Shi. Ele tenta negociar com Quan Shi uma ajuda contra Khan, oferecendo até mesmo as almas dos heróis mortos e a própria alma, mas o feiticeiro lhe mostra que essas almas já são dele e faz com que ataquem Raiden. Durante a luta Riden se dá conta de que quem precisa vencer o Kombate era Shao Khan, não Lui Khang, pois assim os Elder Gods poderiam puni-lo por desrespeitar suas decisões. Com isso em mente ele volta a terra, e tenta evitar que Liu Kang enfrente Khan, mas o campeão está totalmente perturbado e toma Riden como louco e inimigo, lutando com ele. Raiden enfrenta Liu, vencendo, mas mesmo assim Liu Kang tenta impedir Shao Khan de entrar na terra e Raiden acaba usando um ataque elétrico para detê-lo, mas esse ataque acaba fazendo Liu Kang entrar em combustão e morrer nos braços de Raiden o acusando de ser culpado da morte de todos.
Depois disso, Shao Khan entra pelo portal para a terra e começa a espancar Riden, que nada faz para se defender. Quando o amuleto termina de quebrar, os Elder Gods enviam suas forças para Riden, que, restaurado, vence e elimina o imperador do Outworld livrando a terra do domínio eminente.
